Выявление РНК коронавируса SARS-CoV-2 с определением генетических линий особого эпидемиологического значения: британский штамм (B.1.1.7), южноафриканский штамм (B.1.351) и бразильский штамм (P.1) (генотипирование)

При обращении за выполнением теста на коронавирус необходимо предъявить паспорт.

Вирус SARS-CoV-2 принадлежит к роду Betacoronavirus (подрод Sarbecovirus) семейства Coronaviridae. Геном SARSCoV-2 кодирует неструктурные белки, четыре структурных белка (спайковый [S], оболочечный [E], мембранный [M], нуклеокапсидный [N]), а также ряд предполагаемых вспомогательных белков. Внедрение SARS-CoV-2 в клетку хозяина требует связывания вирусного белка S с рецептором ангиотензинпревращающего фермента 2 (ACE-2) клетки-хозяина. Спайковый белок SARS-CoV-2, особенно его рецептор-связывающий домен (RBD), является мишенью для естественного и вакцинно-индуцированного иммунитета. Таким образом, изменение гена, кодирующего спайковый белок, потенциально может повлиять на свойства вакцины, естественный иммунитет и эффективность терапии с применением моноклональных антител. В процессе репликации вирусов, особенно РНК-вирусов, таких как SARS-CoV-2, в их геноме происходят изменения (мутации). Оперативное выявление замен, вставок или делеций, которые могут повлиять на свойства вируса или могут снизить эффективность медицинских мероприятий (подходы к лечению и вакцинации) является важным инструментом эпидемического мониторинга. Отслеживание мутаций вируса способствует формированию более полного представления о потенциальных путях и динамике передачи инфекции и позволяет своевременно предупреждать распространение вируса.

В природе существует несколько тысяч штаммов вируса SARS-CoV-2. Их принято объединять в крупные группы, называемые кладами. Было предложено несколько различных номенклатур клад для SARS-CoV-2. В декабре 2020г., согласно классификации по Rambaut и др соавторов, было идентифицировано пять основных линий (A, B, B.1, B.1.1 и B.1.177) вируса SARS-CoV-2.

На данный момент наибольшую известность получили три штамма (линии):

• Британский штамм (линия B.1.1.7) - впервые был выявлен в Великобритании осенью прошлого года. В декабре ему был присвоен статус варианта, вызывающего опасения (VOC-202012/1). Известно, что этот штамм быстрее распространяется и чаще привод к летальному исходу.
• Южноафриканский штамм (линия B.1.351) - впервые обнаружен в Южной Африке в октябре 2020 года. Этот вариант имеет общие мутации со штаммом, обнаруженным в Великобритании, и, по-видимому, он на 50% более трансмиссивный, чем ранее выявленные штаммы вируса. Однако на данный момент нет данных, позволяющих предположить, что это с большей вероятностью приведет к тяжелому заболеванию или смерти пациента.
• Бразильский штамм (линия P.1) - впервые был зарегистрирован в Японии у четырех путешественников из Бразилии, и считается, что он, возможно, начал распространяться в южноамериканской стране примерно в октябре. Опасен тем, что некоторые его мутации могут влиять на антитела, полученные при более ранней версии инфекции COVID-19, что значительно увеличивает риск повторного заражения.

• Отказаться от приема алкоголя за 24 часа до сбора образца
• Запрещается полоскать рот дезинфицирующими растворами за 4 часа до сбора образца из ротоглотки.
• Запрещается рассасывать антисептические таблетки за 4 часа до сбора образца из ротоглотки.
• Воздержаться от приема пищи в течении часа до начала сбора образца.
• Воздержаться от курения в течение часа до начала сбора образцов.

• Для эпидемиологических исследований новых штаммов;
• Для обследования инфицированных SARS-CoV-2 пациентов, которые ранее были вакцинированы и демонстрировали адекватный иммунный ответ;
• Для пациентов с ослабленным иммунитетом, особенно получающих антитела против SARS-CoV-2 при длительном выделении вируса;
• Для проведения оценки распространения коронавирусной инфекции внутри закрытых коллективов;
• Для контроля за распространением внутрибольничных инфекций;

Поскольку некоторые новые мутации могут оказаться более заразными, необходимо вовремя диагностировать носителем какого именно штамма является человек и вовремя предпринять все необходимые меры по лечению и профилактике вируса.

Качественный, генотипирование, 1,0х10˄3 геном эквивалент РНК в миллилитре пробы (ГЭ/мл)

Не обнаружено - в биоматериале отсутствуют фрагменты РНК, специфичные для коронавируса SARS-CoV-2, или концентрация РНК в биоматериале меньше границы чувствительности теста.

Обнаружено - в биоматериале присутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2.

Мутация N501Y в гене S ОБНАРУЖЕНО - в биоматериале присутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Мутация N501Y в гене S Не обнаружено - в биоматериале отсутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Мутация E484K в гене S ОБНАРУЖЕНО - в биоматериале присутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Мутация E484K в гене S Не обнаружено - в биоматериале отсутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Мутация P681H в гене S ОБНАРУЖЕНО - в биоматериале присутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Мутация P681H в гене S Не обнаружено - в биоматериале отсутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Делеция 69-70del в гене S ОБНАРУЖЕНО - в биоматериале присутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

Делеция 69-70del в гене S Не обнаружено - в биоматериале отсутствует фрагмент РНК, специфичный для коронавируса SARS-CoV-2 с наличием характерной мутации.

В конце на основании обнаруженных мутаций выдается заключение о выявленной генетической линии вируса SARS-CoV-2 :

Выявлены маркеры SARS-CoV-2 в генетической линии В.1.1.7

Выявлены маркеры SARS-CoV-2 генетических линий B.1.351 и P.1

Результат Маркеры SARS-CoV-2 генетических линий B.1.1.7, B.1.351 и P.1 не выявлены обозначает, что РНК SARS-CoV-2 ОБНАРУЖЕНО, но мутаций характерных для британского штамма (B.1.1.7), южноафриканского штамма (B.1.351) и бразильского штамма (P.1) не выявлено.

Результаты лабораторных исследований не являются единственным критерием, учитываемым лечащим врачом при постановке диагноза и назначении соответствующего лечения, и должны рассматриваться в комплексе с данными анамнеза и результатами других возможных обследований, включая инструментальные методы диагностики.

В медицинской компании "LabQuest" Вы можете получить персональную консультацию врача службы "Doctor Q" по расшифровке результатов исследования по телефону.

Самостоятельное взятие и выезд курьера на дом:

Все условия уточнять по телефону 8 (800) 700-09-99 или отставив заявку на сайте.