Бокаловидные клетки кишечника (БКК) обнаруживаются во всех отделах кишечника, но их максимальное число в прямой кишке, особенно в криптах толстого кишечника и вырабатывают слизь, которая выступает защитой слизистой от агрессивных факторов ее содержимого.
Присутствие циркулирующих антител к бокаловидным клеткам кишечника ассоциировано с воспалительными заболеваниями кишечника. Антитела к БКК часто обнаруживаются у пациентов с неспецифическим язвенным колитом, редко встречаются при болезни Крона, других органспецифических заболеваниях и очень редко у здоровых лиц.
Также антитела к бокаловидным клеткам могут встречаться при аутоиммунной энтеропатии —состоянии, которое связано со снижением числа бокаловидных клеток, виллезной атрофией и воспалением в тонком кишечнике.