Инактивация Х-хромосомы относится к процессу, при котором одна из двух Х-хромосом в клетке становится неактивной.
В норме, в женских клетках две X-хромосомы, в то время как мужские клетки имеют одну X и одну Y-хромосому. Инактивация одной Х-хромосомы у женщин гарантирует, что они не продуцируют вдвое больше генных продуктов по сравнению с мужчинами. Этот механизм называется дозовой компенсацией гена. В норме выбор Х-хромосомы, которая будет инактивирована в каждой клетке случаен. Однако в некоторых случаях наблюдается так называемая «неслучайная инактивация Х-хромосомы». Это состояние, когда в большинстве клеток преимущественно инактивирована одна и та же Х-хромосома.