Болезнь Помпе представляет собой аутосомно-рецессивное наследственное заболевание; связанное с появлением патогенных вариантов в гене GAA; который кодирует кислую альфа-глюкозидазу. Изменения в гене GAA приводят к снижению активности данного фермента и накоплению лизосомального гликогена; в связи с этим данное заболевание относят к группе лизосомных болезней накопления. Для развития заболевания патогенные варианты должны передаться от обоих родителей. Распространенность носительства в популяции патогенных изменений в гене GAA составляет 1%. У носителей не наблюдается каких-либо симптомов заболевания.